Base de Datos Region..

6ta Reunión PulseNet
América Latina y Caribe
Buenos Aires, lunes 26 de mayo de 2008
“Base de Datos Regional –
Informe del Centro de Referencia Regional”
Isabel Chinen - Mariana Pichel
INEI – ANLIS “Carlos G. Malbrán”
Base de Datos Regional (BDR):
Organización
INEI-ANLIS
INEI-ANLIS
“Carlos
“CarlosG.
G.Malbrán”
Malbrán”
ADMINISTRADOR
ADMINISTRADOR
DE
DELA
LABDR
BDR
Database
Database
(SQL
(SQL
SERVER)
SERVER)
BN: BioNumerics
BDN: Base de Datos Nacional
BDR: Base de Datos Regional
CRR: Centro de Referencia
Regional
BNAdmin
BNAdmin
OPS-FOS
OPS-FOSSERVER
SERVER
Rio
Riode
deJaneiro
Janeiro--Brasil
Brasil
BNClient
BNClient
BNServer
BNServer
BDN
ís
BDNalojadas
alojadasen
encada
cadaPa
País
que
quetiene
tienesoftware
software
Construcción de la Base de Datos
Regional (BDR)
• Se realiza a través del aporte de las BDN
desde BioNumerics Client con la revisión y
asignación de patrones por parte del
Administrador desde BioNumerics Admin
Etapas en la construcción de la BDR
BN Client
Primera:
• Instalación “scripts” de PulseNet
• Conexión Client – Server
• Evaluación de diferentes funciones de los “scripts”
PulseNet para la conexión e intercambio de información
Segunda:
• Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales
para su ingreso a la BDR
Tercera:
• Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el
Server desde el BN Client alojado en Argentina
Cuarta:
• Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el
Server desde otros países que han aprobado la
certificación para análisis
Etapas en la construcción de la BDR
BN Client
Primera:
• Instalación “scripts” de PulseNet
• Conexión Client – Server
• Evaluación de diferentes funciones de los “scripts”
PulseNet para la conexión e intercambio de información
Segunda:
• Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales
para su ingreso a la BDR
Tercera:
• Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el
Server desde el BN Client alojado en Argentina
Cuarta:
• Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el
Server desde otros países que han aprobado la
certificación para análisis
BDR: 1ra etapa construcción
INEI-ANLIS
INEI-ANLIS
“Carlos
“CarlosG.
G.Malbrán”
Malbrán”
ADMINISTRADOR
ADMINISTRADOR
DE
DELA
LABDR
BDR
Database
Database
(SQL
(SQL
SERVER)
SERVER)
BN: BioNumerics
BDN: Base de Datos Nacional
BDR: Base de Datos Regional
CRR: Centro de Referencia
Regional
BNAdmin
BNAdmin
OPS-FOS
OPS-FOSSERVER
SERVER
Rio
Riode
deJaneiro
Janeiro--Brasil
Brasil
BNServer
BNServer
-Instalación “scripts”
- Evaluación funciones
“scripts”
BNClient
BNClient
BDN
ís
BDNalojadas
alojadasen
encada
cadaPa
País
que
quetiene
tienesoftware
software
BDR: 1ra etapa construcción
ƒInstalación “scripts”:
OK Bases Salmonella y E. coli
ƒConexión Client – Server:
OK Salmonella y E. coli. Con dificultades esporádicas
ƒEvaluación de diferentes funciones de los “scripts”
PulseNet:
Se ha evaluado en Salmonella, se solucionaron las
dificultades existentes excepto para la función “match
against server”. Se está evaluando en E. coli.
Colaboración Alberto Mendía (FOS, OPS-OMS) y
Brenda Brown (CDC, USA)
Etapas en la construcción de la BDR
BN Client
Primera:
• Instalación “scripts” de PulseNet
• Conexión Client – Server
• Evaluación de diferentes funciones de los “scripts”
PulseNet para la conexión e intercambio de información
Segunda:
• Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales
para su ingreso a la BDR
Tercera:
• Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el
Server desde el BN Client alojado en Argentina
Cuarta:
• Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el
Server desde otros países que han aprobado la
certificación para análisis
Preparación de los datos en la BDN
para el ingreso a la BDR
BDN – Salmonella / E. coli
Campos
• Campos comunes
• Campos específicos
• Campos en Blanco
(que completa el Administrador)
BDR Regional: 2da etapa construcción
INEI-ANLIS
INEI-ANLIS
“Carlos
“CarlosG.
G.Malbrán”
Malbrán”
Administrador
Administradorde
delala
Base
Basede
deDatos
Datos
Database
Database
(SQL
(SQL
SERVER)
SERVER)
BN: BioNumerics
BDN: Base de Datos Nacional
BDR: Base de Datos Regional
CRR: Centro de Referencia
Regional
BNAdmin
BNAdmin
OPS-FOS
OPS-FOSSERVER
SERVER
Rio
Riode
deJaneiro
Janeiro--Brasil
Brasil
BNClient
BNClient
BNServer
BNServer
Preparación de
datos en BDN
Pa
íses
Países
Preparación de datos en las Bases de Datos
Nacionales para su ingreso a la BDR
• Salmonella:
Se acondicionó el formato y la información contenida en las Bases
de Datos Nacionales alojadas en el CRR:
- Argentina
- Costa Rica
- Paraguay
812 aislamientos de origen humano
245 patrones de PFGE diferentes
Serovariedades (Nº aislamientos / Nº patrones):
S. Typhimurium (300 / 121), S. Enteritidis (133 / 18),
S. Newport (150 / 73), Otras (229/33)
Preparación de datos en las Bases de Datos
Nacionales para su ingreso a la BDR
• E. coli:
Se acondicionó el formato y la información contenida en las
Bases de Datos Nacionales alojadas en el CRR:
- Argentina
- Cuba
- Paraguay
421 aislamientos de origen humano
194 patrones de PFGE diferentes
Serotipos: (Nº aislamientos / Nº patrones):
O157:H7 (320, 120), O145:NM (101 / 74)
Etapas en la construcción de la BDR
BN Client
Primera:
• Instalación “scripts” de PulseNet
• Conexión Client – Server
• Evaluación de diferentes funciones de los “scripts”
PulseNet para la conexión e intercambio de información
Segunda:
• Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales
para su ingreso a la BDR
Tercera:
• Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el
Server desde el BN Client alojado en Argentina
Cuarta:
• Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el
Server desde otros países que han aprobado la
certificación para análisis
BDR Regional: 3ra etapa construcción
INEI-ANLIS
INEI-ANLIS
“Carlos
“CarlosG.
G.Malbrán”
Malbrán”
Administrador
Administradorde
delala
Base
Basede
deDatos
Datos
Database
Database
(SQL
(SQL
SERVER)
SERVER)
BN: BioNumerics
BDN: Base de Datos Nacional
BDR: Base de Datos Regional
CRR: Centro de Referencia
Regional
BNAdmin
BNAdmin
OPS-FOS
OPS-FOSSERVER
SERVER
Rio
Riode
deJaneiro
Janeiro--Brasil
Brasil
BNClient
BNClient
BNServer
BNServer
Ingreso de
datos en BDR
Pa
íses
Países
Ingreso de perfiles de PFGE y
datos de la BDR en el Server
• Salmonella
Se ingresaron los perfiles de PFGE y datos correspondientes a
aislamientos de Paraguay, Costa Rica y Argentina:
¾ S. Typhimurium, 121 aislamientos / 89 patrones de PFGE
¾ S. Enteritidis, 106 aislamientos / 14 patrones de PFGE
Se asignaron Nº de patrones de PFGE regionales
Se comenzó por los patrones únicos de las BDN y se están agregando
gradualmente los aislamientos de cada patrón, a partir de los más
recientes. A medida que se generan nuevos perfiles de PFGE
Etapas en la construcción de la BDR
BN Client
Primera:
• Instalación “scripts” de PulseNet
• Conexión Client – Server
• Evaluación de diferentes funciones de los “scripts”
PulseNet para la conexión e intercambio de información
Segunda:
• Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales
para su ingreso a la BDR
Tercera:
• Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el
Server desde el BN Client alojado en Argentina
Cuarta:
• Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el
Server desde otros países que han aprobado la
certificación para análisis
Ingreso de perfiles de PFGE y datos de la
BDR en el Server desde otros países que
han aprobado la certificación para análisis
• Se le asignó un login y un password para el
acceso a la BDR a los siguientes participantes
de la Red:
- Nélida Muñoz, Instituto Nacional de Salud,
Colombia
- Ana Tavecchio, Instituto Adolfo Lutz (IAL), Brasil
Se realizaron las primeras pruebas de conexión
desde el IAL, con algunas dificultades
BDR Regional: 3ra etapa construcción
INEI-ANLIS
INEI-ANLIS
“Carlos
“CarlosG.
G.Malbrán”
Malbrán”
Administrador
Administradorde
delala
Base
Basede
deDatos
Datos
Database
Database
(SQL
(SQL
SERVER)
SERVER)
BN: BioNumerics
BDN: Base de Datos Nacional
BDR: Base de Datos Regional
CRR: Centro de Referencia
Regional
BNAdmin
BNAdmin
OPS-FOS
OPS-FOSSERVER
SERVER
Rio
Riode
deJaneiro
Janeiro--Brasil
Brasil
BNClient
BNClient
BNServer
BNServer
Conexión
con el Server
Pa
íses
Países
Ingreso de perfiles de PFGE y datos de la BDR en
el Server desde los países que han aprobado la
certificación para análisis
Recomendaciones. Antes de subir información a la BDR:
- Asegurarse que los geles a ingresar sean de calidad
adecuada para el análisis
- Recordar incluir la información complementaria para
cada uno de los aislamientos – datos mínimos con
formato adecuado
- Verificar que las columnas que debe completar el
administrador estén vacías
Etapas en la construcción de la BDR
BN Admin
Primera:
• Instalación “scripts” de PulseNet
• Conexión Admin – Server
• Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet para la
conexión e intercambio de información
Segunda:
• Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones
enviados desde CRR
Tercera:
• Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones
enviados desde cada BDN
Cuarta:
• Realización de informes
Etapas en la construcción de la BDR
BN Admin
Primera:
• Instalación “scripts” de PulseNet
• Conexión Admin – Server
• Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet para la
conexión e intercambio de información
Segunda:
• Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones
enviados desde CRR
Tercera:
• Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones
enviados desde cada BDN
Cuarta:
• Realización de informes
Base de Datos Regional (BDR):
Organización
INEI-ANLIS
INEI-ANLIS
“Carlos
“CarlosG.
G.Malbrán”
Malbrán”
ADMINISTRADOR
ADMINISTRADOR
DE
DELA
LABDR
BDR
Database
Database
(SQL
(SQL
SERVER)
SERVER)
BN: BioNumerics
BDN: Base de Datos Nacional
BDR: Base de Datos Regional
CRR: Centro de Referencia
Regional
BNAdmin
BNAdmin
-Instalación “scripts”
- Evaluación funciones
“scripts”
OPS-FOS
OPS-FOSSERVER
SERVER
Rio
Riode
deJaneiro
Janeiro--Brasil
Brasil
BNClient
BNClient
BNServer
BNServer
BDN
ís
BDNalojadas
alojadasen
encada
cadaPa
País
que
quetiene
tienesoftware
software
BDR-Admin: 1ra etapa construcción
ƒ Instalación “scripts” Admin:
OK Bases Salmonella y E. coli
ƒ Conexión Admin – Server:
OK Salmonella y E. coli. Con dificultades esporádicas
ƒ Evaluación de diferentes funciones de los “scripts”
PulseNet:
Se evaluó Salmonella, sólo se identificó una dificultad
que pudo solucionarse. Se está evaluando en E. coli.
Colaboración Alberto Mendía (FOS, OPS-OMS) y
Brenda Brown (CDC, USA)
Para ambas Bases, la velocidad en la conexión
presenta fluctuaciones
Etapas en la construcción de la BDR
BN Admin
Primera:
• Instalación “scripts” de PulseNet
• Conexión Admin – Server
• Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet para la
conexión e intercambio de información
Segunda:
• Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones
enviados desde CRR
Tercera:
• Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones
enviados desde cada BDN
Cuarta:
• Realización de informes
Base de Datos Regional (BDR):
Organización
INEI-ANLIS
INEI-ANLIS
“Carlos
“CarlosG.
G.Malbrán”
Malbrán”
ADMINISTRADOR
ADMINISTRADOR
DE
DELA
LABDR
BDR
Database
Database
(SQL
(SQL
SERVER)
SERVER)
BN: BioNumerics
BDN: Base de Datos Nacional
BDR: Base de Datos Regional
CRR: Centro de Referencia
Regional
BNAdmin
BNAdmin
OPS-FOS
OPS-FOSSERVER
SERVER
Rio
Riode
deJaneiro
Janeiro--Brasil
Brasil
- Evaluación de geles
- Asignación de patrones
BNClient
BNClient
BNServer
BNServer
BDN
ís
BDNalojadas
alojadasen
encada
cadaPa
País
que
quetiene
tienesoftware
software
BDR-Admin: 2da etapa construcción
• Salmonella
Se asignaron los números de patrones regionales:
¾ S. Typhimurium, 121 aislamientos / 89 patrones
de PFGE
¾ S. Enteritidis, 106 aislamientos / 14 patrones de
PFGE
Etapas en la construcción de la BDR
BN Admin
Primera:
• Instalación “scripts” de PulseNet
• Conexión Admin – Server
• Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet para la
conexión e intercambio de información
Segunda:
• Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones
enviados desde CRR
Tercera:
• Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones
enviados desde cada BDN
Cuarta:
• Realización de informes
Pendientes
Estado de situación
•
¿Qué información está disponible hoy de PN América Latina?
– Todos los perfiles de PFGE y datos de aislamientos de
Salmonella incorporados en el Server de OPS-OMS.
– Todos los perfiles de PFGE y datos de los aislamientos
ingresados en las BDN de los participantes que han aprobado la
certificación para realización y análisis de geles.
•
¿Cómo acceder a la información disponible de PN América Latina?
– Mediante el acceso directo a la BDR:
Sólo para los participantes de PulseNet AL certificados para
análisis, con login y password.
– A través de consultas o “queries” con información completa:
Para los miembros de toda la Red PulseNet.
Siguientes pasos
• Salmonella:
- Completar el ingreso de perfiles y datos de BDN desde el
CRR. Asignar Nº de patrones regionales.
- Lograr el ingreso directo por parte de participantes de BRAL
y COIN. Evaluar y corregir las dificultades para la conexión
desde distintos países.
- Implementar el ingreso lo más cercano al “tiempo real” de los
perfiles de PFGE y datos de aislamientos de Salmonella,
desde el CRR y desde otros países participantes en forma
directa.
• E. coli:
- Solucionar los problemas de conexión.
- Iniciar el ingreso de perfiles y datos de BDN desde el CRR.
Asignar Nº de patrones regionales
- Implementar el ingreso lo más cercano al “tiempo real” de los
perfiles de PFGE y datos de aislamientos de E. coli, desde el
CRR y desde otros países participantes en forma directa.