La plataforma de NGS qs FLX de Roche


CONSORCIO
DE
SECUENCIACION
MASIVA
La
plataforma
GS
FLX
de
Roche
La
plataforma
GS
FLX+
de
Roche
permite
secuenciar
mediante
pirosecuenciación,
librerías
amplificadas
mediante
PCR
en
emulsión.
El
equipo
del
PCM
recientemente
actualizado
permite
longitudes
de
lectura
de
hasta
1000
bases
(con
una
media
de
700pb)
y
1.000.000
de
lecturas
por
carrera
lo
que
significa
un
throughput
de
700Mb
por
carrera
en
23
horas
aproximadamente.
Dada
la
longitud
de
lecturas
generadas
por
la
plataforma
ésta
es
idónea
para
proyectos
de
secuenciación
de
novo,
resecuenciación
de
genomas,
análisis
de
metagenomas,
secuenciación
de
regiones
subgenómicas,
secuenciación
de
amplicones...
Además
el
PTP
(Pico
Titer
Plate)
que
sirve
de
soporte
para
los
beads
que
contienen
los
fragmentos
amplificados
que
se
van
a
secuenciar
puede
dividirse
en
diferente
número
de
regiones
(2,
4,
16)
para
acomodar
diferentes
proyectos
en
una
misma
carrera.
Las
siguientes
tablas
muestran
algunos
datos
de
interés
para
los
usuarios
interesados
en
esta
plataforma
CANTIDAD
MUESTRA
TIPO
DE
MUESTRA
CANTIDAD
NECESARIA
VOLUMEN
MÍNIMO
DNA
genómico
3‐10
µg
100
µl
DNA
genómico
500
ng
100
µl
Paired‐end
(3kb)
5
µg
100
µl
Paired‐end
(8‐20kb)
20
µg
150
µl
RNA
200
ng
19
µl
Amplicones
5‐20
ng
gDNA
1
µl
Amplicones
1‐2
ng
plásmido
1
µl
PROFUNDIDAD
DE
LECTURA
SUGERIDA
Secuenciación
DE
NOVO
30x
Detección
de
heterozigotos
40x
Variantes
minoritarias
al
5
%
1000x
Variantes
minoritarias
al
1
%
5000x
Transcriptoma
40‐50
millones
de
lecturas
Perfil
de
expresión
6
millones
de
lecturas
miRNAs
3
millones
de
lecturas
ChIP
15‐20
millones
de
lecturas
CAPACIDAD
DE
LECTURA
ROCHE
FLX
+
Read
length
up
to
1.000
bp
Mode
read
length
Throughput
profile
700
bp
85%
of
total
bases
from
reads
>500
bp
45%
of
total
bases
from
reads
>700
bp
Typical
throughput
700
Mb
Reads
per
run
1.000.000
Run
time
23
hours
Para
más
información
consultar:
http://www.my454.com/
SERVICIO
DE
GENOMICA
DEL
IIBm
(SQP)
ELABORADO
POR:
Gemma
Rodríguez‐Tarduchy.
Responsable
del
SQP.
Fecha:
05.10.11.
Rev
00
SERVICIO
DE
GENOMICA
DEL
IIBm
(SQP)
ELABORADO
POR:
Gemma
Rodríguez‐Tarduchy.
Responsable
del
SQP.
Fecha:
05.10.11.
Rev
00