Sistema de información y codificación
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Sistema de información y codificación
Sistema de información y codificación Marcial García Rojo Hospital General Universitario de Ciudad Real. Spain XXVI Congreso Nacional de la SEAP-IAP Cádiz, 23 de mayo de 2013 Sistemas de información de Anatomía Patológica Tres grandes retos: interoperabilidad, imagen digital y gestión del conocimiento Para todo ello: interoperabilidad semántica que se basa en intercambio de información estructurada en todo el proceso (y no sólo en codificación de diagnósticos) Propuesta: Utilizar SNOMED CT por su amplio contenido (casi 350k conceptos) y las relaciones entre los conceptos Los ladrillos que componen SNOMED CT Conceptos Los anclajes para el significado. Jerarquías. Descripciones Son los términos (cadenas de caracteres legibles) usados para expresar el significado de los conceptos en lenguaje natural Relaciones Enlace concepto-con-concepto usado para expresar información en lenguaje entendible por máquinas Objetivo principal: Significado con lógica formal Además: controlar términos obsoletos, representar “hechos” variables, ayudar a post-coordinación sugiriendo calificadores válidos 3 Contenidos de SNOMED CT 311.000 Conceptos Hallazgos/conclusiones/evaluaciones 794.000 Descripciones Trastornos Hallazgos clínicos (por lugar, método, función)1,300.000 Relaciones Procedimientos Planes, intervenciones, tratamientos, prescripciones, cirugías Especímenes Estructuras anatómicas Estructuras normales (anatomía/ topografía) Estructuras anormales (patología/ morfología) Función (incluso habilidades y propiedades) Organismos Vivos Sustancias (drogas, productos químicos, productos biológicos) Agentes físicos, fuerzas y actividades (causas de lesión) Ocupaciones Contexto social y demográfico General (contexto, localización, estadificación) Otros (relaciones espaciales, unidades) 4 Conceptos Concepto como un contenedor ConceptID 29384001 (trastorno del estómago) Descripciones: trastorno del estómago (trastorno) trastorno del estómago enfermedad gástrica enfermedad del estómago Relaciones: es un[a] hallazgo gástrico es un[a] trastorno del abdomen es un[a] trastorno del tracto gastrointestinal superior sitio del hallazgo: estructura del estómago 5 5 SNOMED CT en Patología hoy • Codificar informes en texto libre • Informes estructurados (CAP cancer checklists) • Codificar imágenes (almacenamiento/búsquedas) • Petición electrónica de estudios a Patología • Historia clínica electrónica (orientada Pacientes) • Integración de autoteñidores • Sistemas de ayuda a toma de decisiones • Registros de tumores • Biobancos • Bases de datos de autopsias SNOMED SNOMED II frente a CT SNOMED II • Listas de códigos • Code id con significado • Jerarquías simples (P, T, E, M) • Orientado a Patología (muestras) SNOMED CT • Concepto, Atributo, Relación • Code id secuencial • Jerarquías complejas (19) y > 40 subjerarquías • Orientado a Clínica (paciente) 7 SNOMED CT. Muestras y diagnósticos Subconjunto de muestras y procedimientos. Reglas Implementación de SNOMED CT en diagnóstico: Jerarquías: Morphology (Abnormal body structure), Clinical findings, Qualifiers, … Citología: Bethesda y SNOMED CT Informes estructurados y SNOMED CT Codificación de informes estructurados CAP (Colegio Americano de Patólogos) y modelo IHE (Integrating Heathcare Entrerprise). Checklists. Codificación de la pregunta (entidades observables) y la respuesta (Finding, Disorder, or Morphologic Abnormality). Sistemas de información y SNOMED CT (VitroPath, Patwin, GestPath y otros) Codificar muestras Web SEAP-IAP : http://www.seap.es/snomed-ct Participación de 8 hospitales. Criterios para clasificar muestras (sin considerar carga de trabajo o diagnóstico) 1. 2. Localización anatómica (piel) Procedimiento de obtención o intención: En biopsias Biopsia superficial (punch, tru-cut or aguja gruesa) Biopsia por incisión Enucleación Escisión completa (generalmente con tejido adyacente) Resección parcial de órgano Extirpación completa de órgano Extirpasción d eórgano y estructuras adyacentes (linfadenectomía) Resección especial (Whipple, abdominoperineal,…) o método (estereotáctica, endoscópica) Specimen and Procedures subset Reglas de postocoordinación Refinamiento (C:A=V) (C:A1=V1,A2=(V2),…,An=Vn) Muestras: a. b. c. specimen : specimen procedure (attribute) = procedure specimen : specimen source topography (attribute) = body structure specimen : specimen source topography (attribute) = body structure , specimen procedure (attribute) = procedure Procedicmientos: procedure : procedure site - Direct (attribute) = body structure DIAGNÓSTICOS. ¿Qué jerarquía utilizar? 81% conceptos precoordinados Morfología – Abnormal body structure ¡Solo 44% de los códigos de diagnóstico! Hallazgos clínicos 48% de los códigos Qualifiers, normal anatomic structures, procedures, physical object, substance, organism 10% de los códigos Citología: códigos morfológicos Anomalías de Células Epiteliales 373886001 Células Escamosas 80554009 Estructura corporal Estructura corporal • Células escamosas atípicas (ASC) 69740004 Estructura corporal - de significado indeterminado (ASC-US) 39035006 Estructura corporal - no puede excluirse HSIL (ASC-H) 373878001 Estructura corporal • Lesión intraepitelial escamosa de bajo grado (LSIL) comprendiendo: HPV/displasia leve/CIN 1 112662005 Estructura corporal • Lesión intraepitelial escamosa de alto grado (HSIL) comprendiendo: displasia moderada y severa, carcinoma in situ (CIS)/CIN 2 y CIN 3 - con características sospechosas para invasión (si la invasión es sospechada) 22725004 Estructura corporal 373879009 Estructura corporal • Carcinoma de células escamosas 28899001 Estructura corporal Dos tipos de informes Informes normalizados y SNOMED CT Conclusiones SNOMED CT debe mejorar su organización de conceptos (anatomía patológica debe ser distinto a hallazgo clínico y es algo más que “estructura anatómica anormal” SNOMED CT puede ampliar la lista de conceptos si los patólogos participan (subconjunto en Cataluña) Los sistemas de información pueden integrar informes estructurados con SNOMED CT Deben permitir usar conceptos postcoordinados Deben mejorar la gestión de relaciones entre conceptos para simplificar búsquedas.